Fakultas Teknik berdiri sejak tahun 1981 bersamaan dengan berdirinya enam fakultas yang ada di lingkungan Universitas Wijaya Kusuma Surabaya, dan hanya terdiri dari satu program studi, yaitu Program Studi Teknik Sipil (TS). Pada mulanya, program studi ini mempunyai dua bidang studi konsentrasi yaitu bidang studi konstruksi dan bidang studi hidroteknik. Sejak diberlakukan kurikulum nasional pada tahun 1996/1997 menjadi Program Studi Teknik Sipil Umum sesuai dengan muatan kurikulum yang diberlakukan.

Pada awal berdiri Program Studi Teknik Sipil hampir semua pimpinan dan dosen berasal dari Institut Sepuluh Nopember (ITS) Surabaya dan instansi-instansi pemerintah yang ada di Pemerintah Daerah Tingkat I Jawa Timur. Selama hampir 20 tahun Fakultas Teknik telah dibina oleh ITS dan instansi-instansi pemerintah.

Tahun 2007 dibuka Program Studi Teknik Perangkat Lunak (TPL) berdasar ijin Dirjen Perguruan Tinggi (DIKTI) No.144/D/T/2007 tanggal 25 Januari 2007, program studi ini sekarang disebut Program Studi Informatika (IF). Bersamaan dengan itu Fakultas Teknik juga dipercaya oleh universitas untuk mengelola Program Studi Teknologi Industri Pertanian (TIP) yang dari awal sudah dikelola oleh Fakultas Pertanian sejak awal berdiri tahun 1994. Pemindahan ini karena pertimbangan bahwa kurikulum TIP lebih banyak ke arah teknologi dan lebih sesuai bila berada dalam pengelolaan Fakultas Teknik.